納豆菌は強い菌なので、100℃になっても死なない。
昔ながらの納豆には、稲わらが用いられているが、稲わらを熱湯に通し、納豆菌以外の細菌を死滅させてから、茹でた豆を入れて、納豆を作っている。
また納豆菌は強いので、造り酒屋の人々は納豆を食べてはいけないとされている（酒造り用の麹菌がだめになってしまうため）。
また納豆に含まれるナットウキナーゼには、血栓を溶解させる作用があるため、血栓症や動脈硬化への効果が期待されている。
しかし、ナットウキナーゼは胃腸でほぼすべて消化されてしまい、血中には移動しないと考えられているため、納豆を食べるだけでは血栓溶解の作用は働かないとされている（残念）。
しかし納豆にはポリペプチドが含まれているため、内臓を強化する効果が認められている。
またビタミン類も豊富であるため、脚気防止、食欲増進、筋肉痛、心臓肥大、神経症などに効果がある。
江戸時代の最大のスタミナ食は、豆腐を入れた納豆汁だった。
納豆汁とは、納豆を入れた味噌汁のことで、味噌も豆腐も納豆もすべて大豆製品というところから、タンパク質のかたまりを食べているのと同じような効果をもたらしていた。
ちなみに、江戸時代の人たちにとっては、納豆は味噌汁に入れることが常識だった。
そのため、味噌汁に入れても味が引き立つ、ひきわり納豆が主に売られていた。
